MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Hino chromosome

Total Repeats: 24304

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016914	ATT	2	6	13	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017168
2	NC_016914	GCA	2	6	58	63	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379017168
3	NC_016914	TAT	2	6	182	187	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017168
4	NC_016914	ATT	2	6	274	279	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017168
5	NC_016914	T	6	6	293	298	0 %	100 %	0 %	0 %	379017168
6	NC_016914	ATG	2	6	392	397	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017168
7	NC_016914	ATA	2	6	433	438	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017168
8	NC_016914	GTA	2	6	574	579	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017168
9	NC_016914	TTA	2	6	587	592	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017168
10	NC_016914	CAG	2	6	767	772	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379017168
11	NC_016914	TAA	2	6	776	781	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017168
12	NC_016914	AT	3	6	787	792	50 %	50 %	0 %	0 %	379017168
13	NC_016914	A	6	6	801	806	100 %	0 %	0 %	0 %	379017168
14	NC_016914	ATA	2	6	812	817	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017168
15	NC_016914	ATA	2	6	1196	1201	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017169
16	NC_016914	AAAGTA	2	12	1229	1240	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379017169
17	NC_016914	TGA	2	6	1255	1260	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017169
18	NC_016914	GTA	2	6	1293	1298	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017169
19	NC_016914	CAA	2	6	1355	1360	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379017169
20	NC_016914	A	7	7	1359	1365	100 %	0 %	0 %	0 %	379017169
21	NC_016914	TAA	2	6	1384	1389	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017169
22	NC_016914	TCT	2	6	1503	1508	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379017170
23	NC_016914	A	6	6	1511	1516	100 %	0 %	0 %	0 %	379017170
24	NC_016914	TC	3	6	1521	1526	0 %	50 %	0 %	50 %	379017170
25	NC_016914	A	6	6	1581	1586	100 %	0 %	0 %	0 %	379017170
26	NC_016914	AT	3	6	1646	1651	50 %	50 %	0 %	0 %	379017170
27	NC_016914	TA	3	6	1764	1769	50 %	50 %	0 %	0 %	379017170
28	NC_016914	ATA	3	9	1767	1775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017170
29	NC_016914	A	7	7	1793	1799	100 %	0 %	0 %	0 %	379017170
30	NC_016914	GTA	2	6	1833	1838	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017170
31	NC_016914	TGA	2	6	1933	1938	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017170
32	NC_016914	GAA	2	6	1990	1995	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017170
33	NC_016914	AAT	2	6	2020	2025	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017170
34	NC_016914	AAG	2	6	2037	2042	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017170
35	NC_016914	TTA	2	6	2075	2080	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017170
36	NC_016914	CAA	3	9	2138	2146	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379017170
37	NC_016914	T	8	8	2170	2177	0 %	100 %	0 %	0 %	379017171
38	NC_016914	A	6	6	2180	2185	100 %	0 %	0 %	0 %	379017171
39	NC_016914	T	6	6	2245	2250	0 %	100 %	0 %	0 %	379017171
40	NC_016914	T	6	6	2305	2310	0 %	100 %	0 %	0 %	379017171
41	NC_016914	T	6	6	2314	2319	0 %	100 %	0 %	0 %	379017171
42	NC_016914	GA	3	6	2332	2337	50 %	0 %	50 %	0 %	379017171
43	NC_016914	CGG	2	6	2359	2364	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379017171
44	NC_016914	AGC	2	6	2390	2395	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379017171
45	NC_016914	ATA	2	6	2435	2440	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017171
46	NC_016914	A	7	7	2440	2446	100 %	0 %	0 %	0 %	379017171
47	NC_016914	T	7	7	2464	2470	0 %	100 %	0 %	0 %	379017171
48	NC_016914	TA	3	6	2496	2501	50 %	50 %	0 %	0 %	379017171
49	NC_016914	TTTTA	2	10	2536	2545	20 %	80 %	0 %	0 %	379017171
50	NC_016914	ATA	2	6	2573	2578	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017171
51	NC_016914	TAA	2	6	2604	2609	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017171
52	NC_016914	TG	3	6	2612	2617	0 %	50 %	50 %	0 %	379017171
53	NC_016914	TTAT	2	8	2697	2704	25 %	75 %	0 %	0 %	379017171
54	NC_016914	AT	3	6	2756	2761	50 %	50 %	0 %	0 %	379017171
55	NC_016914	ATG	2	6	2834	2839	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017171
56	NC_016914	TAT	2	6	2854	2859	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017171
57	NC_016914	TTA	2	6	2868	2873	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017171
58	NC_016914	ATTTA	2	10	2889	2898	40 %	60 %	0 %	0 %	379017171
59	NC_016914	TTAT	2	8	2919	2926	25 %	75 %	0 %	0 %	379017171
60	NC_016914	A	6	6	2983	2988	100 %	0 %	0 %	0 %	379017172
61	NC_016914	CTC	2	6	3065	3070	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	379017172
62	NC_016914	TC	3	6	3069	3074	0 %	50 %	0 %	50 %	379017172
63	NC_016914	ATT	2	6	3076	3081	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017172
64	NC_016914	ATT	2	6	3089	3094	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017172
65	NC_016914	T	6	6	3132	3137	0 %	100 %	0 %	0 %	379017172
66	NC_016914	AAG	2	6	3161	3166	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017172
67	NC_016914	ATT	2	6	3202	3207	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017172
68	NC_016914	A	7	7	3246	3252	100 %	0 %	0 %	0 %	379017172
69	NC_016914	A	6	6	3263	3268	100 %	0 %	0 %	0 %	379017172
70	NC_016914	AACT	2	8	3302	3309	50 %	25 %	0 %	25 %	379017172
71	NC_016914	AAT	2	6	3354	3359	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017172
72	NC_016914	AGA	2	6	3375	3380	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017172
73	NC_016914	AGA	2	6	3390	3395	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017172
74	NC_016914	AGC	2	6	3405	3410	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379017172
75	NC_016914	TGC	2	6	3417	3422	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379017172
76	NC_016914	TG	3	6	3437	3442	0 %	50 %	50 %	0 %	379017172
77	NC_016914	A	7	7	3517	3523	100 %	0 %	0 %	0 %	379017172
78	NC_016914	A	7	7	3536	3542	100 %	0 %	0 %	0 %	379017172
79	NC_016914	GA	3	6	3544	3549	50 %	0 %	50 %	0 %	379017172
80	NC_016914	T	6	6	3573	3578	0 %	100 %	0 %	0 %	379017172
81	NC_016914	ATT	2	6	3608	3613	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017172
82	NC_016914	TATT	2	8	3615	3622	25 %	75 %	0 %	0 %	379017172
83	NC_016914	GTT	2	6	3644	3649	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379017172
84	NC_016914	GAG	2	6	3685	3690	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379017172
85	NC_016914	TTGC	2	8	3745	3752	0 %	50 %	25 %	25 %	379017172
86	NC_016914	A	6	6	3788	3793	100 %	0 %	0 %	0 %	379017172
87	NC_016914	TAT	2	6	3846	3851	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017172
88	NC_016914	GCA	2	6	3874	3879	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379017172
89	NC_016914	AGA	2	6	3972	3977	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017172
90	NC_016914	AT	3	6	4006	4011	50 %	50 %	0 %	0 %	379017172
91	NC_016914	CTA	2	6	4067	4072	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017172
92	NC_016914	TAT	2	6	4123	4128	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017172
93	NC_016914	TTA	2	6	4129	4134	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017172
94	NC_016914	GGTCA	2	10	4136	4145	20 %	20 %	40 %	20 %	379017172
95	NC_016914	TGT	2	6	4149	4154	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379017172
96	NC_016914	AT	3	6	4316	4321	50 %	50 %	0 %	0 %	379017172
97	NC_016914	AG	3	6	4335	4340	50 %	0 %	50 %	0 %	379017172
98	NC_016914	ATA	2	6	4343	4348	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017172
99	NC_016914	TA	3	6	4423	4428	50 %	50 %	0 %	0 %	379017172
100	NC_016914	GGC	2	6	4594	4599	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379017172
101	NC_016914	GCA	2	6	4618	4623	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379017172
102	NC_016914	A	6	6	4645	4650	100 %	0 %	0 %	0 %	379017172
103	NC_016914	TA	3	6	4675	4680	50 %	50 %	0 %	0 %	379017172
104	NC_016914	GAA	2	6	4717	4722	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017172
105	NC_016914	AAG	2	6	4748	4753	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017172
106	NC_016914	AAT	2	6	4759	4764	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017172
107	NC_016914	GAA	2	6	4765	4770	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017172
108	NC_016914	TAA	2	6	4785	4790	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017172
109	NC_016914	CTA	2	6	4809	4814	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017172
110	NC_016914	TAAAT	2	10	4845	4854	60 %	40 %	0 %	0 %	379017172
111	NC_016914	GAG	2	6	4858	4863	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379017172
112	NC_016914	AT	3	6	4867	4872	50 %	50 %	0 %	0 %	379017172
113	NC_016914	CAAAAC	2	12	5070	5081	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379017172
114	NC_016914	GTAGT	2	10	5171	5180	20 %	40 %	40 %	0 %	379017172
115	NC_016914	AAG	2	6	5201	5206	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017172
116	NC_016914	ACG	2	6	5210	5215	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379017172
117	NC_016914	ATA	2	6	5237	5242	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017172
118	NC_016914	ATT	2	6	5288	5293	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017172
119	NC_016914	TAA	2	6	5310	5315	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017172
120	NC_016914	AATA	2	8	5316	5323	75 %	25 %	0 %	0 %	379017172
121	NC_016914	GAT	2	6	5329	5334	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017172
122	NC_016914	ATTC	2	8	5353	5360	25 %	50 %	0 %	25 %	379017172
123	NC_016914	TGC	2	6	5367	5372	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379017172
124	NC_016914	T	6	6	5395	5400	0 %	100 %	0 %	0 %	379017172
125	NC_016914	ATT	2	6	5411	5416	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017172
126	NC_016914	TGC	2	6	5424	5429	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379017172
127	NC_016914	CTA	2	6	5519	5524	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017172
128	NC_016914	AGT	2	6	5556	5561	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017172
129	NC_016914	CGC	2	6	5582	5587	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379017172
130	NC_016914	A	7	7	5605	5611	100 %	0 %	0 %	0 %	379017172
131	NC_016914	TTG	2	6	5618	5623	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379017172
132	NC_016914	TTA	2	6	5647	5652	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017172
133	NC_016914	ATA	2	6	5669	5674	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017172
134	NC_016914	TAA	2	6	5738	5743	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017172
135	NC_016914	ATA	2	6	5761	5766	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017172
136	NC_016914	GAA	2	6	5767	5772	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017172
137	NC_016914	A	6	6	5784	5789	100 %	0 %	0 %	0 %	379017172
138	NC_016914	ATA	2	6	5815	5820	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017172
139	NC_016914	ATG	2	6	5848	5853	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017172
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141	NC_016914	CAAAAT	2	12	5923	5934	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	379017172
142	NC_016914	A	6	6	5993	5998	100 %	0 %	0 %	0 %	379017172
143	NC_016914	TAATA	2	10	6031	6040	60 %	40 %	0 %	0 %	379017172
144	NC_016914	T	7	7	6084	6090	0 %	100 %	0 %	0 %	379017173
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250	NC_016914	AATT	2	8	12193	12200	50 %	50 %	0 %	0 %	379017182
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252	NC_016914	T	6	6	12211	12216	0 %	100 %	0 %	0 %	379017182
253	NC_016914	AC	3	6	12239	12244	50 %	0 %	0 %	50 %	379017182
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256	NC_016914	TTC	2	6	12839	12844	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379017183
257	NC_016914	AGA	2	6	12891	12896	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017183
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259	NC_016914	TGA	2	6	13001	13006	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017183
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262	NC_016914	ATGA	2	8	13071	13078	50 %	25 %	25 %	0 %	379017183
263	NC_016914	A	6	6	13125	13130	100 %	0 %	0 %	0 %	379017183
264	NC_016914	GTA	2	6	13131	13136	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017183
265	NC_016914	GGCTC	2	10	13149	13158	0 %	20 %	40 %	40 %	379017183
266	NC_016914	AGC	2	6	13171	13176	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379017183
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399	NC_016914	ATT	2	6	19384	19389	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017191
400	NC_016914	TAAA	2	8	19412	19419	75 %	25 %	0 %	0 %	379017191
401	NC_016914	TAC	2	6	19676	19681	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017192
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432	NC_016914	A	6	6	21513	21518	100 %	0 %	0 %	0 %	379017193
433	NC_016914	AAG	2	6	21520	21525	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017193
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